JUNIOR CAMPEÓN 2004

NOMINA
Luis Fernández
 Roberto Peñalosa
 Walter Ribonetto
 Hayder Palacio
 César Fawcett
 Jose Amaya
 Juan Carlos Quintero
 Leonardo Rojano
 Omar Sebastián Pérez
 Orlando Ballesteros
 Martín Arzuaga
 DT: Miguel Ángel López


En el 2004 llega al equipo Omar Sebastián Pérez, en su primera experiencia en Colombia y sin gran cartel, comandando al equipo hacia el quinto campeonato de la Primera A, teniendo como técnico a Miguel Ángel "El Zurdo" López. Además, ese mismo año participa en su primera y hasta ahora única Copa Sudamericana. En la eliminatoria colombiana jugó contra Millonarios de Bogotá, perdiendo el primer partido 1-0 en Bogotá y ganando 2-0 en Barranquilla logrando un resultado global de 2-1. En los octavos de final se enfrenta al ganador de la eliminatoria peruana: Alianza Atlético de Sullana. Junior vence de nuevo en los dos partidos 2-0 en Sullana y 4-1 en Barranquilla para un resultado global de 6-1. Junior clasifica a los Cuartos de Final para enfrentar a Internacional de Brasil. Junior pierde 1-0 en Porto Alegre y empata 1-1 en Barranquilla.